L'Eglise catholique fête cette année le 20e anniversaire de sa présence en Mongolie. C'est en 1992, un an après la chute du pouvoir communiste, qu'ont été établies des relations diplomatiques avec le Saint-Siège, et l'arrivée, presque simultanée, des premiers missionnaires. Les chrétiens, toutes confessions confondues, représenteraient à l'heure actuelle près de 2% de la population mongole, laquelle suit majoritairement les pratiques d'un bouddhisme tibétain local mêlé de croyances chamaniques.
Erigée en 2002, la préfecture apostolique de Mongolie compte quatre paroisses. Trois d'entre elles se trouvent dans la capitale Oulan-Bator. La dernière née se trouve à Darhan, la deuxième ville de Mongolie. A ces communautés paroissiales, il faut également ajouter un nombre croissant de missions et de chapelles. Le nombre des catholiques en Mongolie, difficile à évaluer par manque de statistiques précises, est estimé entre 420 et 700 baptisés. Quant aux membres du clergé, leur nombre atteindrait 85 parmi lesquels il faudrait compter 64 missionnaires venus de 18 pays et appartenant à une dizaine de congrégations. "Nous avons fondé une Eglise locale vivante mais la presque totalité du clergé de la préfecture apostolique est d'origine étrangère, explique Mgr Padilla, le préfet apostolique d'Oulan-Bator. Il est grand temps d’encourager les vocations, et de former des animateurs pastoraux au sein de l'Eglise locale."
Les premiers temps de son installation, l'Eglise catholique, frappée par les besoins d’une population très démunie après des décennies passées sous un régime totalitaire, s'est investie dans des projets d’aide sociale, éducative et médicale. Désormais, la jeune communauté catholique ressent davantage la nécessité d'accorder une place plus importante à l'approfondissement de la foi et surtout à la formation de néophytes dont le nombre ne cesse de croître.
En 2008, le premier séminariste d'origine mongole, Enkh Baatar, a été envoyé au séminaire de Daejeon, en Corée du Sud. Par ailleurs, la préfecture d'Oulan-Bator subventionne les études de jeunes catholiques aux Philippines et encourage la traduction et la publication de textes de la Bible, de catéchismes et de livres de prières usuelles destinés aux fidèles. Dans son projet pastoral de 2012, revenant sur les difficultés économiques actuelles de la Mongolie, les fléaux de l'alcoolisme, du chômage, de la pauvreté, de la corruption ainsi que la disparition des valeurs morales, le prélat a mis l'accent sur le rôle que peuvent se donner les chrétiens dans la restauration de la dignité de l'être humain.
L'Eglise catholique de Mongolie doit faire face à une véritable explosion des spiritualités, dont l'islam, qui représente environ 5% de la population, de petits groupes de baha'is et de mormons, mais surtout de nombreuses Eglises protestantes, essentiellement évangéliques et pentecôtistes, qui se développent avec rapidité.
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