Les personnalités de Benoît XVI et de Jean-Paul II furent au diapason, même si leur tempérament respectif se situait aux antipodes.
"Entre Wojtyla et Ratzinger, il y a toujours eu un rapport extraordinaire initié dès les années du Concile Vatican II", avait assuré Joaquin Navarro-Valls quelques instants après l'élection de Benoît XVI, le 19 avril 2005. Proche de Jean-Paul II, dont il a fait la connaissance lors du Concile Vatican II (1962-1965), Joseph Ratzinger a été un ami fidèle, en qui le pape polonais a mis toute sa confiance.
En avril 2005, lors de sa première célébration de la messe en tant que pape, Joseph Ratzinger a affirmé "sentir la main forte" de Jean-Paul II serrer la sienne, "voir ses yeux souriants et écouter ses paroles adressées particulièrement en ce moment à lui : 'n'aie pas peur'".
Quelques mois plus tard, Benoît XVI confie à la télévision polonaise TVP : "Le pape est toujours à mes côtés par ses textes", ajoutant "Je suis proche du pape et lui, maintenant, m'aide à être près du Seigneur, je m'en remets à ses prières".
La nomination de l’archevêque de Munich-Freising à la tête de la Congrégation pour la doctrine de la foi fin 1981 aurait été "la plus importante nomination curiale" du pontificat de Jean Paul II, selon l'américain George Weigel, l'un des biographes les plus connus du pape polonais (auteur de "Jean-Paul II, témoin de l'espérance", aux éditions JC Lattès).
Le pape polonais et philosophe et le préfet allemand de la Congrégation pour la doctrine de la foi ont collaboré de manière étroite. Le cardinal Ratzinger rencontrait le pape tous les vendredis, afin de passer en revue l'activité de son dicastère. Très souvent, il était également invité, pour des discussions théologiques.
En juin 2001, à l'occasion du 50e anniversaire de l'ordination sacerdotale du cardinal Ratzinger, Jean-Paul II exprime ses "vifs remerciements pour l'impressionnante masse de travail du cardinal bavarois, avec un esprit d'humilité et d'abnégation qui avait constamment marqué son activité". "Je désire vous confier que la communion spirituelle que vous avez toujours manifestée au successeur de Pierre m'a été d'un grand réconfort dans la fatigue quotidienne de mon service au Christ et à l'Eglise".
Le 16 avril 2002, ayant atteint l'âge de la retraite, le cardinal bavarois présente sa démission à Jean-Paul II, selon la règle. Joseph Ratzinger entendait alors quitter son poste pour se consacrer à l'écriture, la méditation et retourner en Allemagne. Mais, à la demande de Jean-Paul II, ce dernier conserve ses fonctions. En avril de la même année, Jean-Paul II célébrera le 75e anniversaire du cardinal Ratzinger et rendra, une nouvelle fois, hommage à ce "collaborateur de la vérité".
Néanmoins, leur sensibilité mystique était radicalement différente, comme l'explique Mgr Emery Kabongo, second secrétaire de Jean-Paul II durant dix ans. Après l'attentat du 13 mai 1981, Jean-Paul II a voulu connaître toutes les révélations et les visions le concernant. La consigne était la suivante : "si vous voyez dans le courrier du Pape des révélations, n'envoyez pas tout directement au cardinal Ratzinger, à la Congrégation pour la doctrine de la foi". Jean-Paul II "était un mystique, il voyait les choses invisibles", selon les propos de son ancien second secrétaire.
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